Skim, un lecteur de pdf aux stéroïdes ! — partie 1

Le pdf s’est depuis longtemps imposé comme un format de prédilection pour la diffusion de la recherche et des contenus académiques. Leur lecture directement sur écran est de plus en plus commune. Skim est un logiciel pour Mac, gratuit, qui offre de nombreuses fonctionnalités inédites facilitant la lecture et le travail sur ces documents. Je vous propose d’en découvrir les principaux atouts.

Vue générale du logiciel Skim

A l’ouverture de Skim, on distingue 3 zones :

• le panneau des contenus à gauche,
• Le panneau des notes, à droite,
• la zone centrale affichant une ou plusieurs vues du document.

Une barre de menus “ambitieuse” mais configurable complète le tableau.

Skim, un excellent lecteur de pdf

Le panneau des contenus affiche le sommaire du document, ou des vignettes de pages :

Panneau de contenu (Sommaire et vignettes)

Les nuances de couleurs symbolisent l’historique de la recherche, et facilitent ainsi le butinage dans le document et le retour au point de progression dans la lecture. Très pratique à l’usage !

Ce panneau liste également les résultats d’une recherche sur le document en cours, avec contextualisation de chaque résultat pour peu qu’on y attarde sa souris :

Contextualisation des résultats de recherche

Une “barre de lecture” remplace le doigt d’antan, et s’avère bienvenue pour les textes difficiles et les aller-retours entre plusieurs portions du document (déplacement avec Alt+▲ ou Alt+▼) :

Barre de lecture du document

Et une “barre de séparation” permet d’afficher simultanément deux zones distinctes du document, comme c’est courant avec Excel par exemple (on choisit la page à afficher en bas à droite) :

Skim - Barre de séparation

Par ailleurs, Skim possède un mode plein écran dans lequel il est encore possible d’utiliser tous les outils et d’afficher temporairement les panneaux latéraux. Il est possible d’affecter des signets aux documents, qui peuvent être temporaires (“signets de session”) ou définitifs et multidocuments ; on peut ainsi revenir rapidement sur une page d’un pdf alors même qu’on en consulte un autre. Ces signets peuvent être organisés en dossiers, comme sur un navigateur.

Finalement, Skim inclut un mode présentation très pratique, avec des “transitions” du type de ce qu’on trouve sur Keynote.

Dans un second article, je vous présenterai les capacités d’enrichissement et d’annotations de Skim.

Lien : Skim

Jean-Michel Mermet

Un flux de travail avec DEVONthink Pro

Les logiciels fourre-tout, comme évoqué dans mon précédent billet à ce sujet, sont d’un intérêt manifeste pour les chercheurs. Ils leurs permettent d’archiver afin de les retrouver et de les agencer, de nombreux types de données qu’ils (ou elles) manipulent journalièrement. Il faut toutefois, comme dit dans le précédent billet, que leur pléthore de fonctionnalités n’en fasse pas des couteaux suisses décoratifs. J’utilise le logiciel DEVONthink Pro depuis maintenant près d’un an et ai réussi à me créer certaines habitudes de travail dont j’aurais aujourd’hui peine à me passer.

Ce billet est dévolu à l’explication du flux de travail que j’utilise avec DEVONthink Pro (avec la dernière version à ce jour, la v. 2.0.2, entièrement francisée). Bien évidemment, ce flux pourra (devra) être adapté aux modes de travail de chacun. Notez aussi que je n’utilise qu’une très faible partie des fonctionnalités de ce très riche logiciel (il est entièrement scriptable en AppleScript et avec Automator).

Avant de le présenter, décrivons une fonctionnalité essentielle de ce logiciel : sa capacité à gérer des fichiers de deux manières différentes : soit par l’importation (commande Fichier>Importer>Fichiers et dossiers…), soit par l’indexation (commande Fichier>Indexer…). Dans le premier cas, l’ensemble des fichiers ou dossiers est « avalé » dans la base de données, et une nouvelle version de ces derniers est présente dans la base, qui sera modifiée si on les annote ou les surligne. Les fichiers originaux resteront bien sûr intacts. Dans le deuxième cas, l’ensemble des fichiers contenus dans un dossier donné est seulement indexé, mais sans recopier les fichiers entièrement dans la base. Depuis une version récente, il est également à noter que toute modification (annotation, surlignage) d’un PDF importé se répercute automatiquement sur la version originale du PDF. Il existe un AppleScript fourni avec le logiciel (Synchronize.scpt) qui scrute en permanence un dossier et importe automatiquement dans le dossier ad hoc de DEVONthink les fichiers ou dossiers ajoutés depuis le dernier lancement, ce qui autorise une équivalence entre le dossier extérieur et celui géré par DEVONthink.

Voici maintenant comment j’utilise DEVONthink au quotidien. J’ai créé trois bases de données différentes, qui s’ouvrent toutes au démarrage du logiciel (comme elles sont importantes, le logiciel n’est pas lancé automatiquement à tout démarrage du système, mais à ma demande).

• La première (nommée « ebooks »), la plus importante en taille, contient dans un même dossier tous les PDF des articles ou ouvrages que j’utilise dans ma recherche, traités de manière indexée afin d’éviter l’engorgement de mon disque dur. Je n’essaie pas de structurer cette base en sous-dossiers, tant il est pratique de seulement placer un document dans un dossier unique, laissant DEVONthink l’analyser, afin de le retrouver ultérieurement. Il est toutefois à noter que la version Pro simple (non Office), ne réalise pas de reconnaissance de caractères. Comme la plupart des anciens documents PDF sont en réalité des fichiers image, il est nécessaire de lancer une telle opération pour rendre le document « cherchable ».
• La deuxième (nommée « recherche ») contient l’ensemble des articles sur lesquels je suis en train de travailler. Chaque article est stocké dans un dossier, et chaque dossier contient, comme autant de fichiers, chaque section de l’article. Les fonctionnalités de DEVONthink permettent très aisément de séparer un fichier en deux, d’en fusionner plusieurs, etc., sans compter la correction orthographique (utilisant celle de TextEdit d’Apple) et les fonctionnalités basiques de mise en forme de caractères et de paragraphes (identiques à celle de TextEdit).
• La troisième et dernière (nommée « todo ») contient des documents de toute sorte (comptes rendus de réunion, pense-bête, listes diverses, etc.). Les documents de ces deux dernières bases y résident en natif, et ne sont donc pas importés. Ils sont en général codés en RTF. L’avantage d’utiliser ce logiciel plutôt que de multiples documents de traitement de texte est manifeste : le codage RTF les rend à la fois peu importants et standard (qui ne s’est pas heurté au problème de convertir un .docx?), mon disque dur n’est pas envahi de multiples petits fichiers de contenu difficile à déterminer. Autre fonctionnalité : un simple appui sur le bouton « Envoyer par Mail » lorsqu’un fichier est sélectionné crée un nouveau message Mail avec le fichier en document attaché.

Penchons-nous maintenant sur une fonctionnalité particulièrement puissante (et à ma connaissance unique), qui permet de relier le contenu de ces deux premières bases. Le dossier de chaque article en cours est copié dans la base « ebooks » (la fonction « dupliquer » ou « reproduire » ne fonctionne pas entre bases de données, ce qui rend impossible la création d’alias de fichiers résidant dans des bases différentes) et j’utilise intensivement la fonction « chapeau » ou « Voir aussi », qui affiche, pour un fichier texte donné, quels sont les fichiers textes les plus proches en se fiant à la distribution des mots dans le document. Cette fonction permet, lorsqu’on écrit un document, de détecter au fur et à mesure de la rédaction d’une section d’articles quelles sont les références citables, ou le contenu à ajouter. Bien évidemment, il est nécessaire que la langue des deux documents soit identique (lorsqu’on écrit un article en français, il n’y a pas ou peu de « Voir aussi » pointant sur des documents en anglais).

Cette fonction est tout à fait utile quand on travaille à étendre le contenu d’un article, au tout début de sa rédaction. Je passe rapidement du dossier de mon article en cours aux différents PDF que j’ai à lire pour rédiger le contenu du premier en ouvrant les onglets nécessaires (équivalant aux onglets de FireFox), qui ont pu être signalés par la fonction « Voir aussi ». Je peux à tout moment fusionner ou au contraire séparer une section (ici, un fichier) en plusieurs, ce qui rend le plan de l’article aisément réaménageable (il faut toutefois penser à supprimer le tri des documents dans le dossier de l’article). Une fois que le contenu de l’article est à peu près stable, il est possible de fusionner toutes les sections et de les exporter en document « Word » pour les modifier avec un logiciel de traitement de textes plus évolué.

DEVONthink n’a-t-il donc pas de défauts ? En réalité, si, et de nombreux. Il a une logique de fonctionnement particulière qui rend son apprentissage peu aisé. Son interface n’est pas dans les standards des logiciels Mac OS X récents ; ses nombreuses boîtes aux lettres « Inbox » sont d’usage complexe (tout document déplacé d’une base à l’autre est automatiquement placé dans le dossier « Inbox » de la base de destination, et il existe une « meta-inbox » interbases, dans laquelle arrivent tout document provenant de l’extérieur, comme web, courriels, etc. ; enfin, chaque « Inbox » est étanche pour le moteur de recherche) ; sa gestion des données de type tableau (nommés feuilles) encore trop fruste ; tout document peut être taggé, mais la gestion des métadonnées encore à améliorer (les champs de métadonnées ne peuvent être renommés, mais OpenMeta est supporté). Mais les développeurs produisent régulièrement des mises à jour du logiciel et il existe des forums d’utilisateurs actifs, produisant des scripts étendant l’usage de DEVONthink (liens avec d’autres logiciels, modèles de fichiers).

Voilà, c’est à peu près tout, et c’est déjà intéressant (je laisse de côté la description de la puissante fonction de recherche). La versatilité du logiciel fait que je pourrai aisément étendre son utilisation à d’autres parties de mon travail (p. ex., il existe un « modèle » permettant de créer des fiches de lectures reliées à une base de références bibliographique, comme EndNote, Sente ou BookEnds, dont la commande est Données>Nouveau à partir d’un modèle>Education>Référence). DEVONthink Pro contient de très nombreuses autres possibilités de travail (notamment des groupes intelligents, une gestion de listes de choses à faire, de notes, de signets Internet ou de flux RSS). Je ne les utilise pas ou peu, car lancer un tel logiciel, surtout avec des bases de données de grande taille, est coûteux en taille mémoire et en temps de chargement. De nombreux logiciels légers s’acquittent bien mieux de ces tâches (DoIt.im, TaskPaper (Mac OS X) pour la gestion de tâches, Delicious pour les signets). Mais, en l’état, ce logiciel me rend de grands services.
Deux versions moins complètes de DEVONthink existent : DEVONnote et DEVONthink. Ce logiciel étant plutôt complexe d’emploi, il est conseillé de commencer par l’une de ces deux versions, et de passer ensuite à la version DEVONthink Pro, qui contient la capacité, que je juge indispensable, de gérer plusieurs bases de données indépendantes (l’import de données d’une version à l’autre est très simple). Une version plus complète de DEVONthink Pro (Office), plus onéreuse, existe également. Elle comprend en plus des fonctionnalités de reconnaissance de caractères (via un logiciel tiers), d’archivage de courriels et de création/accès de bases de données à distance. Il est à parier que cette dernière fonctionnalité, avec l’arrivée de l’iPad, va rendre ce logiciel encore plus attractif pour les chercheurs, car ils pourront accéder à leurs données synchronisées par leur ordinateur fixe et leur iPad. Affaire à suivre.

Philippe Dessus

Références

Tutoriels de présentation de DEVONThink en français : http://www.debutersurmac.com/tutoriels/devonthinkpro.html
Revue de DEVONThink (en français) : http://www.valhalla.fr/2006/11/20/devonthink-organise-la-pensee/
Flux de travail d’un chercheur (intégrant DEVONthink, en anglais) : http://homepage.mac.com/kvmagruder/hsci/resources/workflow.html

Les logiciels fourre-tout

Le travail du chercheur (comme celui, d’ailleurs, de toute personne dont l’écrit est le centre de son travail) comprend la lecture et la production de très nombreux documents écrits. La manière dont il (ou elle) va stocker sur son ordinateur ces différents documents est variable selon les personnes :

• tout placer sur le bureau de son ordinateur, et faire le ménage tous les 3 mois ;
• utiliser de manière plus ou moins systématique et ordonnée une hiérarchie de dossiers, les fichiers étant de type multiple ;
• utiliser un logiciel « fourre-tout », qui va littéralement avaler les différentes sortes de documents pour permettre leur recherche, organisation, et réutilisation.

Cette dernière catégorie de logiciels commence à proliférer, avec pour cible évidente le monde académique, j’ai nommé les logiciels « fourre-tout ». Il s’agit de logiciels de type base de données qui acceptent, de manière plus ou moins structurée, un nombre très important — et variable d’un logiciel à l’autre — de types de fichiers différents (texte, films, images, etc.), afin de permettre leur classement, leur recherche et leur exportation à des fins de recherche. Ces logiciels sont les lointains descendants des cartes à jouer, sur lesquelles les chercheurs du XVIIe siècle écrivaient leur notes destructurées. Pourquoi les chercheurs sont-ils si preneurs de ce genre de logiciels ? Que leur apportent-ils vraiment ? Le métier de chercheur(-e) est justement de traiter un nombre important de données souvent destructurées, avec pour tâche de repérer des régularités, donc des associations, dans ces données, et qu’un logiciel qui peut aider les chercheurs à cela est le bienvenu. Certains objecteront que c’est exactement ce à quoi sert le système d’exploitation d’un ordinateur : gérer des informations de type différent et permettre de les rechercher : à quoi bon, donc, ajouter une sur-couche au système, souvent payante, et surtout complexifiant le type des données stockées ? C’est l’avis d’Alex Payne, l’un des premiers programmeurs de Twitter, qui, dans une chronique de son blog, a longuement critiqué ce type de logiciels.

Faisons une recension des principaux produits et laissons le lecteur trancher sur leur utilité. Pour Mac OS X, le choix est si important qu’il faut des sous-catégories pour s’y retrouver.

• fourre-tout multidocuments : Ce sont des logiciels gérant de très nombreux formats de fichiers (texte, image, sons, films, etc.). Parmi eux : DEVONthink, EagleFiler, RecordsMaster, SOHO Notes, TinderBox, Together, VoodooPad, Yojimbo ;

• fourre-tout créatifs : Curio (ce logiciel atypique intègre la gestion de cartes de concepts) ;
• fourre-tout orientés notes : Ce sont des logiciels principalement centrés sur la prise de notes. Parmi eux : Caboodle, Circus Ponies Notebook, Dossier, Mori, MyNotes, Notae, Notational Velocity, NoteMind, NoteTaker, Process, Scribblet, ShoveBox, xPad ;
• fourre-tout orientés recherche : Ce sont des logiciels principalement centrés sur la prise de notes à des fins de recherche. Parmi eux : LabAssistant, Scribe.

De tels logiciels existent également pour Windows, bien qu’en nombre moins important, sans doute à cause de la suprématie de MS OneNote : AskSam, Dekstrus, MS OneNote, MyInfo, Nota Bene, UltraRecall, WhizFolders, Zoot, et enfin certains sont multiplateforme et souvent gratuits : EverNote, TiddlyWiki, Tomboy, Wikidpad. Notons aussi que les applications web blocs-notes de certains grands noms de l’Internet : Google NoteBook, UberNote, Yahoo NotePad, Zoho NoteBook, peuvent être utilisées comme des fourre-tout de notes.

Les deux principales différences entre ces logiciels sont la manière dont les informations sont stockées (sous la forme d’une base de données propriétaire ou sous la forme d’un fichier universellement lisible, cad, .txt ou .rtf) et l’étendue des types de données acceptées (seulement les notes ou d’autres types, comme images, vidéos, etc.). Bien entendu, il en existe beaucoup d’autres : fonctionnalités de partage, de cartes de concepts, de plan, de gestions de tâches ou de projets, de recherche sémantique, etc.
Alors, ces types de logiciels sont-ils intéressants pour les chercheurs ? Il me semble que les principaux critères de choix sont les suivants :

• leur prix : si certains sont gratuits, d’autres peuvent être très chers ;
• leur intégration dans le système : certains ont des bases de données étanches ne permettant aucune interrogation par le système de l’ordinateur, ce qui est un handicap ;
• le type de base de données : certains ont des bases de données avec un codage propriétaire, ce qui rend l’utilisateur à jamais dépendant du logiciel (surtout si les fonctionnalités d’exportation sont réduites). Il faut donc préférer des logiciels stockant leurs données dans un format standard, ce qui le rend de plus accessible par le moteur de recherche du système de l’ordinateur (voir point précédent) ;
• la longévité possible de l’éditeur : le grand nombre de ces logiciels fait que leur pérennité sur des années, et également leur mise à jour, n’est pas toujours assurée. Or ils sont souvent complexes d’emploi et investir dans leur utilisation doit être payante à long terme. Mieux vaut donc choisir un logiciel d’un éditeur connu, sujet à de fréquentes mises à jour, avec une communauté d’utilisateurs importante ;
• le type de fonctionnalités et de données traitées : on l’a vu, ces logiciels sont de véritables granges à données, mais celles qu’ils traitent peuvent être différentes d’un logiciel à l’autre. Il convient donc de s’assurer que celles qu’on compte traiter le plus fréquemment (p. ex., films, images, tableaux de chiffres) se trouvent bien prises en compte dans le logiciel ;
• la possibilité de scripts ou d’extensions : pour les plus experts, il peut être tout à fait important de pouvoir étendre les fonctionnalités du logiciel par des scripts ou des extensions. Assez peu de logiciels (voir VoodooPad & DEVONthink) permettent cela.
• le format en export : utiliser un tel logiciel ne doit pas vous isoler de la communauté dans laquelle vous travaillez, et il vous faut donc vous assurer que votre choix comporte de nombreuses possibilités d’exportation, vers les types de données les plus courants (RTF, TXT, etc.).

Et parmi ces fonctionnalités, lesquelles sont essentielles pour le ou la chercheur-e ? J’en vois trois principales :

• la capacité à prendre en compte les PDF et leurs annotations (donc les articles et ouvrages) ;
• la capacité à gérer des plans (outliner), afin de l’utiliser pour faire le premier jet d’articles ;
• la capacité à rechercher dans la base de données et à rechercher des associations sémantiques entre documents (TinderBox et DEVONthink ont de telles fonctionnalités). Cela permet, à partir d’un document, de rechercher les articles les plus proches.

Dans un prochain billet, j’expliquerai comment j’utilise l’un de ces logiciels (j’ai essayé ici d’être le plus général et sans parti-pris) dans mes activités de recherche. Et n’hésitez pas à commenter ce billet en suggérant d’autres outils « fourre-tout »…

Philippe Dessus

Références
Burke, P. (2000). A Social History of Knowledge: From Gutenberg to Diderot. Londres : Polity Press. [Citation sur les chercheurs du XVIIe s.]
Payne, A. (2009). The case against everything buckets. Entrée de blog accessible à http://al3x.net/2009/01/31/against-everything-buckets.html
Liste de logiciels « fourre-tout »

• Pour PC http://academiclifehacker.wordpress.com/2007/01/12/windows-alternatives-for-devonthink/
• Pour Mac OS X : http://www.pure-mac.com/notes.html

• Revue d’un grand nombre de logiciels d’écriture : http://www.atpm.com/12.11/atpo.shtml

• Revue de PIMs (Personal Information Managers) : http://www.outlinersoftware.com/topics/viewt/945/0/list-of-pims

• Revue de 8 logiciels de collecte d’information : http://danieljomphe.wordpress.com/2008/01/31/8-web-information-collectors-reviewed/

Comment être un écrivain prolifique : Revue d’un best-seller sur la productivité academique

Il existe, dans les pays anglo-saxons, des ouvrages qui seraient classés en France dans le rayon « Méthodes de développement personnel » et qui ont pour cible le monde académique, et plus précisément traitent de productivité académique (PA). Les titres sont à l’image des autres ouvrages de développement : très volontaristes et « positifs » : « Comment être un écrivain prolifique, un guide pratique de l’écriture académique productive », « Ecrivez au top ! Comment devenir un chercheur produisant ». Il n’est pas étonnant que ces ouvrages peuvent devenir des best-sellers (voir statistiques de vente en références).

Il m’a paru intéressant d’abandonner un court moment les outils informatisés pour jeter un œil sur ces outils de papier. Quelle vision du chercheur ont-ils ? Quelles méthodes proposent-ils ? Sont-elles éventuellement informatisées ? Quel intérêt peuvent-elles avoir ? Ce billet va tenter de répondre sommairement à ces questions, et donner peut-être envie d’y aller voir de plus près, en présentant rapidement un ouvrage plutôt grand public sur ce thème*. Commençons par le plan de l’ouvrage. Il est clairement partagé en deux parties.

Comment être un écrivain prolifique (Paul Silvia)

• Introduction
• Barrières à l’écriture prolifique
• Outils de motivation
• Commencer votre groupe d’agraphie
• Une brève incursion du côté du style
• Ecrire des articles
• Ecrire des livres
• « Les bonnes choses qui restent à écrire »

La première (les 3 premiers chapitres hors introduction) concernent les maux de l’écrivain et les moyens de les guérir ou les atténuer. La seconde traite les questions de style et les stratégies pour arriver à écrire des articles et des ouvrages. Il n’est pas sûr que cette partie soit utile à des lecteurs cherchant des méthodes de travail plus que de classiques conseils sur le style (sur l’utilisation du passif, le choix des mots, ou la structure des phrases), ou encore sur la manière de « préparer avec soin son manuscrit ». Tout le monde sait que pour écrire au top, il vaut mieux donner un manuscrit soigné. Voyons le contenu du livre de plus près.

Les trois premiers chapitres (hors introduction) détaillent des remèdes aux maux les plus fréquents de l’écrivain (pas seulement le chercheur). La classiques blocages de l’écriture (agraphie, procrastination, rêverie) sont guéris par une thérapie cognitivo-comportementale que ne renierait aucun club d’alcooliques anonymes (le terme « abstinent », est même curieusement mentionné pp. 24–25 pour référer à un écrivain qui n’aurait aucune urgence à écrire). Il faut se fixer des contraintes, se motiver, parler de ses problèmes à ses proches, ne pas hésiter à écrire un peu, à s’y mettre, etc.

Les conseils donnés dans ces chapitres vont de l’évidence la plus plate : « se fixer un ordre du jour et des plages horaires pour écrire » ou « ne pas attendre l’inspiration », aux suggestions plus intéressantes, que je développe rapidement :

• se fixer une priorité des tâches d’écriture et s’y tenir (pp. 33–39, présentées ici de la plus à la moins urgente) : 1/ réviser les épreuves d’un article ; 2/ boucler un appel à projet en respectant l’échéance ; 3/ Réviser un papier à resoumettre ; 4/ relire (reviewer) les articles et projets de ses pairs ; 5/ écrire un nouvel article ; 6/ autres catégories d’écrits (article court, blog, etc.). Bien évidemment, cette hiérarchie de priorités peut différer d’un chercheur à l’autre : la tâche 4, par exemple, est souvent traitée en priorité bien plus faible.
• monitorer ses progrès (pp. 39–44) en tenant à jour une simple feuille de tableur qui reporte, jour après jour, les éléments suivants : date, nombre de mots écrits, buts, intitulé du projet ou de la revue, commentaires. Ces différentes données peuvent être transformées en graphiques qui permettent de visualiser l’effort de travail. Dans le même ordre d’idées, un outil comme Pomodoro permet également de réaliser ce type de monitorage, même si ce n’est pas son but premier.

Le chapitre sur le « groupe d’agraphie » contient des conseils pour organiser, entre collègues, un groupe qui se réunirait régulièrement pour parler de ses problèmes d’écriture. L’auteur suggère, et c’est une bonne idée, que les doctorants créent leurs propres groupes d’agraphie, indépendants de ceux de leurs superviseurs.

Les deux chapitres sur l’écriture d’articles et de livres présentent des informations assez évidentes et d’un intérêt inégal sur les stratégies de soumission d’articles ou d’ouvrages, qui peuvent toutefois être utiles aux doctorants ou jeunes chercheurs (et cela permet de remplir le livre…).

Tout cela, une fois de plus, fait penser aux ouvrages sur les régimes (voir le premier billet de ce blog). Si de tels ouvrages de PA sont encore rares dans les librairies françaises, nul doute qu’ils arriveront un jour chez nos libraires préférés, sur des piles voisines…

Peut-être un jour l’un d’entre eux aura-t-il pour titre : « Productivité académique : le régime français »?

Philippe Dessus

* Il existe en effet des ouvrages plus académiques sur la PA, comme celui de Boice, ou intermédiaires, comme celui de Johnson et Mullen.

Références
Boice, R. (1996). Procrastination and blocking. A novel, practical approach. Westport: Praeger.
Johnson, W. B., & Mullen, C. A. (2007). Write to the top! How to become a prolific academic. New York: Macmillan. [rang 69 655 chez Amazon.com au 7 mai 2010, toutes catégories]
Silvia, P. J. (2007). How to write a lot. Washington: American Psychological Association. [rang 4 159 chez Amazon.com au 7 mai 2010, toutes catégories, 9e dans la catégorie « writing>Academic & Commercial »]

Lancement de notre site d’outils de Productivité Académique

Ça y est !
Jean-Michel Mermet et moi-même avons lancé notre site « chercheurs2point0 », recensant, selon l’acronyme SLED déjà évoqué dans mon précédent billet, des outils de productivité académique (PA). Ce site est un wiki dont la hiérarchie permet de rendre compte de la multitude d’outils existants. Voyons de plus près comment il est organisé.

La première section, « Sélectionner des informations », est organisée en 4 sous-parties :

• Rechercher des informations (moteurs de recherche, plus ou moins spécialisés) ;
• Butiner (outils permettant la gestion et le partage de signets) ;
• Recevoir (outils permettant de récupérer, selon des alertes, des informations sur des sujets précis) ;
• Recommander et se faire recommander (outils de veille sociale, comme Twitter).

La deuxième section, « Lire », est organisée en 4 autres sous-parties :

• Lire des travaux (sites proposant des ouvrages et articles, en accès libre ou payant) ;
• Scientométrie (sites et outils permettant d’évaluer certaines caractéristiques bibliométriques des travaux et chercheurs) ;
• Sauvegarder des travaux (outils pour stocker, parcourir et gérer les multiples fichiers d’articles et travaux que tout chercheur amasse) ;
• Gérer ses références (outils et sites de gestion de références bibliographiques).

La troisième section, « Ecrire », est pour l’instant composée d’une seule sous-section, rassemblant les différents logiciels et sites d’aide à l’écriture (individuelle ou collaborative).

La quatrième et dernière section, « Diffuser », est organisée en 3 sous-parties :

• Communiquer avec son labo (site et outils de gestion de tâches et de projets liés à la recherche) ;
• Promouvoir travaux et événements (sites et outils d’alertes et d’informations d’appels à participations à ouvrages ou conférences) ;
• Diffuser ses travaux (sites et outils d’aide à la diffusion de travaux : blogs, archives, etc.)

Une dernière section rassemble quelques références dans le domaine de la PA (blogs, ressources, etc.).

Bonne visite dans ces différentes sections ! Pensez à visiter régulièrement ce site, qui sera régulièrement mis à jour.

Philippe Dessus

SLED : le flux de travail académique

Est-il possible de dire que tout chercheur est engagé dans un flux de travail générique (c’est-à-dire, indépendamment de sa discipline, son objet de recherche, etc.) ? Ce serait bien sûr exagéré. L’objet de ce billet est toutefois de proposer un flux de travail dans lequel la plupart des chercheurs seraient engagés (cad, un enchaînement d’activités), et de voir, pour chacune de ces activités, comment l’informatique peut être utile.

En bref, l’activité de nombreux chercheurs comprend deux étapes importantes : lire et écrire. L’activité de lecture est précédée d’une activité de sélection d’informations alors que l’activité d’écriture est suivie d’une activité de diffusion de l’écrit. De plus, les journées étant de 24 h, passer du temps en lecture en supprime d’autant en écriture. Cela a fait dire à certains que le but ultime est de produire le plus possible (écrire) en lisant le moins possible.

Détaillons maintenant ces activités (acronyme : SLED), qui ne sont bien sûr pas linéaires.

• sélection d’informations (articles, livres, etc.) possiblement utiles pour la recherche en cours ;
• lecture, afin de déterminer l’originalité de ses idées, mais aussi de s’inspirer des travaux des collègues ;
• écriture d’articles et d’ouvrages rendant compte de ses idées (bien évidemment, selon la discipline du chercheur, de nombreuses autres activités se passent entre ces deux-là, mais pour rester générique, nous les tairons).
• diffusion, afin de montrer l’originalité de ses idées, et de faire que ses pairs s’en inspirent, ce qui fait se boucler la boucle

À quoi ce modeste SLED pourrait bien servir ? Les jeunes chercheurs pourraient utiliser cela pour organiser leurs journées ; cela pourrait aussi servir de méthode de classement d’outils de productivité académique. Nous travaillons activement à ce dernier point. Des nouvelles tout bientôt.

Philippe Dessus

Références

Hull, D., Pettifer, S. R., and Kell, D. B. (2008). Defrosting the digital library: Bibliographic tools for the next generation web. PLoS Comput Biol, 4(10). [Article] [SLED est librement adapté de cet article]
Roosendaal, H. E. and Geurts, P. A. T. M. (1997). Forces and functions in scientific communication: an analysis of their interplay. In Karttunen, M., Holmlund, K., and Hilf, E. R., editors, Cooperative Research Information Systems in Physics (CRISP 97), Oldenburg. [Produire en lisant le moins][Article]
Yore, L. D., Hand, B. M., and Florence, M. K. (2004). Scientists’ views of science, models of writing, and science writing practices. Journal of Research in Science Teaching, 41(4). [L’activité d’écriture dans la science]

Les outils de veille centrés sur les personnes

L’une des activités importantes de tout chercheur est de se tenir au courant de la recherche qui se fait dans son domaine, pour au moins deux raisons :

• se procurer de nouvelles idées desquelles dériver les siennes propres ;
• vérifier que ses idées sont réellement nouvelles.

En bref, comme dans Facebook, tout chercheur a un réseau d’ « amis » dont il (ou elle) scrute régulièrement la production (statut). Il existe de nombreux outils personnalisant cette activité. Ils permettent de réaliser une veille à propos d’un ensemble de personnes pré-définies (réseaux). Il existe d’ailleurs des sites sociaux de chercheurs équivalents de Facebook, dont je ferai la recension dans un autre billet.

L’un des moyens simples et efficaces pour remplir cette tâche est de parcourir régulièrement Internet (méthode « active », ou « pull »), mais aussi d’attendre d’avoir des informations (méthode « passive », ou « push »). Les moteurs de recherche pour les premières et les flux RSS, mais aussi Twitter pour les secondes sont des instruments privilégiés. Toujours dans la catégorie « méthode passive », il existe des outils alertant le chercheur (souvent par courriel, mais parfois aussi par RSS) dès qu’un ensemble de mots-clés auront été trouvés sur l’Internet. Ces outils ne sont pas personnalisés a priori, même si ces requêtes peuvent être aussi centrées sur une personne précise : ils concernent le contenu. Topikality ou Ensembli sont des nouveaux venus dans cette veine ; et les classiques sont Alertes Google ainsi que les alertes des différents éditeurs électroniques, comme ScienceDirect.

MyPeers, de Coding Seeds, est à ma connaissance l’outil qui pousse cette idée au maximum. C’est une petite application (pour Mac OS X seulement) qui permet de définir un ensemble de collègues apparaissant individuellement dans la fenêtre principale, avec mention de leur h et g index (plutôt anecdotique, non ?). Plus intéressant : un clic sur un auteur amène la liste de leurs articles, qu’il est ensuite possible d’ouvrir individuellement. C’est une sorte de Google Scholar automatique et les utilisations de ce type de logiciels sont multiples : veille par laboratoire, par thème, par groupes de collègues, etc.

Ces outils renouvellent la vieille idée du « collège invisible » : des chercheurs reliés les uns aux autres par des problématiques de recherche voisines et restant en contact de manière informelle (au XVIIe siècle, par lettre, et aujourd’hui, par blogs et gazouillis…).

Philippe Dessus

Références
Boorstin, D. (1988). Les découvreurs. Paris : Laffont, coll. Bouquins [collège invisible, voir chap. 11].
Wikipédia, entrée « collège invisible »